Thomas Jürgen Bauer, (d. 27 Eylül 1961, Nürnberg) Arap dili ve edebiyatı, İslâmî çalışmalar alanlarında uzmanlaşmış Alman bilim insanıdır.
Thomas Bauer, abitur sınavını 1980'de Oberasbach'ta Dietrich Bonhoeffer Gimnasiyum'unda geçti ve 1980'den 1987'ye kadar Nürnberg Friedrich Alexander Üniversitesi'nden İslamî çalışmalar, Semitik filoloji ve dilbilim alanlarında lisans aldı. Klasik Arap şiiri konulu çalışmasıyla 1989 yılında mezun oldu. Daha sonra, Heidelberg'de Ruprecht Karls Üniversitesi'nde ve ardından 1991'den 2000'e kadar yeniden Erlangen-Nürnberg'de çalıştı. 1997 yılında Arap dünyasında aşk ve aşk şiirleri başlıklı çalışmasıyla doçent oldu.
Thomas Bauer, 2000 yılında Münster Vestfalya Wilhelm Üniversitesi'nde İslâmî bilimler, Arap kültürü ve edebiyatı alanlarında profesör unvanı almaya hak kazandı. Aynı yıl Arap Araştırmaları ve İslâmî Çalışmalar Enstitüsü'nün müdürlüğüne getirildi. 2002'den 2005'e kadar Vestfalya Wilhelm Üniversitesi'nde Dinî Çalışmalar Merkezi'nin yöneticiliğini yaptı. 2006/2007 akademik mevsiminde Berlin Bilim Enstitüsü'nde (Wissenschaftskolleg zu Berlin) Kültürel Çokanlamlılık adı verilen projede çalıştı.